O Prototype 2 acabou muito melhor do que muitas pessoas achavam que terminaria. Ele possui uma linha de história excelente, uma personagem com a qual você se sente conectado e uma jogabilidade melhorada. Com todos esses excelentes recursos combinados, ele poderia muito bem ser o melhor jogo em modo livre atualmente disponível. Sua personagem, o sargento James Heller, tem a capacidade de mudar de forma, e ele está atrás da pessoa que considera responsável pela morte de sua família. Como sargento James Heller, você deve encontrar o homem que desenvolveu um vírus mortal que matou sua família, e retribuir o favor. Mas há uma reviravolta. O alvo de sua vingança é nada mais nada menos que Alex Mercer.
Ter o protagonista do primeiro jogo como antagonista no Prototype 2 é uma mudança interessante. Você terá que completar missões em diferentes áreas do zoológico de Nova York, que tem áreas cobertas pela infecção viral, para encontrar Mercer. Quando Heller come uma pessoa, ele pode pegar sua identidade, bem como ler suas memórias. Com os poderes de Heller, você pode voar, saltar e subir pela cidade.
O combate neste jogo nunca fica chato, e à medida que você avança, terá que usar novas táticas para derrubar os chefões que encontrar. Esgueire-se em campos inimigos e transforme soldados em bombas biológicas. As habilidades que você pode aprender são insanas. É muito fácil ver como este jogo ganhou uma classificação de 18 assim que jogá-lo.
O Prototype evoluiu.