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Os ficheiros .cel são ficheiros de dados criados pelo software de análise de imagem Affymetrix DNA. Contêm os dados extraídos de sondas num Affymetrix GeneChip e podem chegar a armazenar milhares de pontos com dados.
O formato dos ficheiros .cel pode ter várias versões. Por exemplo, a versão 3 usa formatação de texto ASCII e a versão 4 utiliza o formato binário.